参照肃州区气象站数据，金佛寺镇所在区域属典型大陆性干旱气候，冬冷夏热，降水稀少且高度集中。

历史记录显示极端低温曾达-23℃（2023年1月24日），极端高温37℃（2022年6月15日等地出现）。

全年最冷月多集中在12月至1月，平均最高气温在-2℃~1℃，最低气温在-15℃上下；最热月7月平均最高气温可达32℃左右，夜间最低气温也在16~20℃之间。

降水方面，全年708毫米的记载看似不少，但主要来自夏季（6~8月）的集中降雨，例如2025年6月降水103毫米、7月138.6毫米、8月180.9毫米，而冬春季节往往连续数月无有效降水。

由于金佛寺镇海拔较肃州城区高出约200～300米，且更靠近山体，春季回暖偏慢，秋季降温更早，夏季体感温度通常比市区低2~3℃，但午后山谷风明显，风力较大。

沿山地带春季霜冻风险高于川区，局部小气候受地形影响显著，夜间辐射冷却强，最低气温可能比县城更低。